[SOLVED] problème d'import de modèle de variogrammes

Here you can report the problems encountered when using a function relative to the variography:
- experimental variography (vario.calc, vario.grid, vmap.calc, ...)
- model fitting (model.auto)

[SOLVED] problème d'import de modèle de variogrammes

Postby blabarthe » Mon Jun 17, 2013 11:32 am

Bonjour,
Actuellement doctorant au centre de géosciences j'ai rapidement parler de mon problème à Fabien.
Je désire utiliser RGeoS sur ma machine personnelle qui est sous Ubuntu Raring 64 bits.
Depuis l'installation de RGeoS je ne peux ni importer ni exporter les modèles variographiques que je cale.
En effet quand j'utilise la fonction model.read ou model.write le message d'erreur suivant apparaît :
Error when opening the file ~/These/R/cor/export/(nom du fichier à importer ou à exporter).ascii
Erreur dans model.read(model.all) : Error in R_model_ascii_read
J'espère que vous pourrez m'aider.
Cordialement Baptiste
blabarthe
 
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby Didier Renard » Thu Jun 20, 2013 12:33 pm

Bonjour

Apre discussion avec Fabien et nous ne trouvons pas de reponse satisfaisant a votre probleme.
Je resume: vous ne pouvez pas lire le contenu d'un variogrammeexperimental stocke sous la forme d'u fichier ASCII. Vous ne pouvez pas non plus ecrire le contenu d'un variogramme experimental (calcul sous RGeoS) dans un fichier ASCII.
Par acquis de conscience, je rappelle les 2 syntaxes.

vario.R <- vario.read("nom_du_fichier_vario_ascii_lecture")

ou

vario.write(vario.R,filename="nom_du_ficher_ascii_ecriture")

Afin d'essayer d'aller plus loin, il serait bon de nous envoyer:
- le fichier ascii a lire contenant le variogramme experimental
- le fichier .RData contenant l'etude.

Attention, pour ce dernier, il faut le renommer auparavant car les mailers detestent transporter en piece jointe des fichiers dont le nom commencent pas un "point".
Didier Renard
 
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby blabarthe » Thu Jun 20, 2013 2:13 pm

Bonjour Monsieur,

Je me suis trompé dans mon premier post. En effet ce n'est pas le variogramme expérimental que je tente d'importer ou d'exporter en ascii mais plutôt le modèle variographique fitté,
en utilisant la fonction model.write(nom_du_vario.ascii) et la fonction model.read(nom_du_vario.ascii)
Le script que j'utilise m'a été fourni par Chantal de Fouquet et ne pose pas de soucis sous Windows mais ne fonctionne pas avec ma machine perso sous ubuntu.

les ligne de commande sont :
pour l'export :
fmod_ascii = paste(rep_out,"varios_mod_",data.correl$pz[num_max],".ascii",sep="")
model.write(gamod,fmod_ascii)

pour l'import :
model.all=paste(model.path,"varios_mod_",data.correl$pz[num_max],".ascii",sep="")
gamod=model.read(model.all)

La première fois que ce problème est apparu j'ai pensé que c'est un problème de compatibilité windows ubuntu : en effet j'ai exporter les modèles variographiques sous windows puis j'ai tenté de les lire avec R sous ubuntu. C'est alors que j'ai tenter de réaliser l'export à partir de ubuntu sans succès... Du coup je ne comprends plus.
Merci par avance pour vos idées de débuggage.
Cordialement,
Baptiste
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby Didier Renard » Thu Jun 20, 2013 9:16 pm

Je suis de plus en plus persuade que le mieux est de nous envoyer les fichiers ASCII.
On pourra alors voir si:
- il faut faire une petite manip pour passer les fichiers WINDOWS en UBUNTU (pour traiter les CR - LF par exemple)
- si le contenu du fichier ASCII a evolue et rend donc la lecture d'un "ancien" fichier impossible. Cela n'explique cependant pas le probleme obtenu lors de l'ecriture.

Dernier point: serait-il possible de refaire passer le script en precedant les ordres model.write() ou model.read() d'un affichage du nom des fichiers ASCII. Ceux-ci proviennent d'une composition de chaine de caracteres.

Pour cela, il suffit de faire:
cat("Nom du fichier=",fmod_ascii,"\n")

et cat("Nom du fichier=",model_all,"\n")

Merci d'avance
Didier Renard
 
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby blabarthe » Sat Jun 22, 2013 4:29 pm

Bonjour monsieur,

Veuillez m'excuser pour mon précédent message que j'ai écrit à la hâte.
Je vous fais parvenir le code et les données d'entrée permettant de calculer les variogrammes à partir desquels je souhaite réaliser mes krigeages.
Ce code ne fonctionne pas sur ma machine (je vous ai rajouté en commentaire les lignes qui la font planter) toujours à cause des soucis d'import et d'export de fichiers .ascii.
J'ai aussi fait les cat comme vous me l'avez conseillé; il semble que le problème ne soit pas là, l'adresse des fichiers semble être la bonne.
Je vous ai aussi rajouté les fichier ascii créés à partir de ce même code sous windows.
J'espère que cela vous permettra de m'aider.
PS : la taille du fichier étant trop grande pour le forum je vous l' envoie directement sur votre boite mail du centre de géosciences
Merci par avance.
Baptiste
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby Didier Renard » Mon Jun 24, 2013 7:39 am

J'ai bien recu les fichiers (et tout l'environnement).
Chez moi, le tout fonctionne bien.
J'obtiens effectvement tous les fichiers escomptes:
03263X0028.pdf
varios_exp_03263X0028.ascii
varios_exp_03263X0028.pdf
varios_mod_03263X0028.ascii
varios_mod_03263X0028.csv
varios_mod_03263X0028.pdf
varios_modc_03263X0028.ascii

Mais evidemment, pour cela, j'ai personnalise les noms des fichiers...

Et c'est la que reside le probleme. En effet, l'utilisation du symboel "~" semble poser probleme pour la lecture et l'ecriture des fichiers.

Le contournement est simple: remplacer "~" pour le chemin absolu ou relatif.

Je vais essayer de voir pourquoi ce symbole n'est pas bien analyse dans RGeoS.
Cordialement et desole pour le derrangement.
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Re: problème d'import de modèle de variogrammes

Postby blabarthe » Tue Jun 25, 2013 9:36 am

Bonjour Monsieur,

J'ai changé le chemin de mes fichiers d'entrée et de sortie de mes modèles variographiques et cela marche!!
Merci beaucoup pour vos conseils.
Cordialement,
Baptiste Labarthe
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